Le colline di Greti, i dintorni di Vinci fino al fiume, furono il paesaggio familiare a Leonardo durante gli anni della sua giovinezza. In questi luoghi ebbe modo di osservare quegli elementi della natura che da mere curiosità divennero per lui occasione di riflessione scientifica. A San Pantaleo, ad esempio, dove abitava la madre, aveva probabilmente potuto osservare le argille fossilifere del luogo detto colle marino. Le carte del Codice Leicester riportano diversi brani in cui Leonardo elabora la sua teoria sul modo in cui si sono formati i diversi livelli geologici di questo settore del Valdarno: come diremmo oggi, la “Stratigrafia geologica del Mediovaldarno”. Aveva annotato la diversità delle formazioni geologiche che affiorano nei pressi di Capraia e Montelupo, composte per lo più da ciottoli di arenaria (visibili oggi nell’ansa fossile di Arnovecchio) rispetto alle argille per lo più fossilifere che aveva osservato nel cosiddetto “taglio di Collegonzi”. Le sue teorie sull’antico mare che un tempo arrivava fino alla stretta della Gonfolina spiegavano l’origine della “ghiara”, della “rena” e del “fango azzurreggiante” e soprattutto il perché della presenza dei famosi nichi, le conchiglie fossili che aveva osservato nei depositi argillosi dell’area di Greti. Collezioni di fossili provenienti dai luoghi in cui Leonardo vide, raccolse e disegnò i nichi sono esposte nel Museo di Storia Naturale dell’Università di Firenze, nel Museo di Paleontologia di Empoli e nel Museo Ideale Leonardo Da Vinci a Vinci.