Le due località si trovano sulla riva sinistra dell’Arno: Rusciano è una zona studiata da Leonardo anche in altre carte, e dà il nome alla villa che si trova al suo interno; quello detto del Paradiso è invece un colle ai cui piedi si trova un complesso monastico che venne realizzato ampliando i locali di un importante edificio preesistente, molto frequentato dai protagonisti della prima cultura umanistica fiorentina.
Rientrato a Firenze nell'anno 1500, Leonardo fu consultato in merito al nuovo campanile di San Miniato e ai problemi della chiesa di San Salvatore al Monte: fra le Carte Strozziane dell’Archivio di Stato di Firenze è conservato il parere di Leonardo. Nel Codice Arundel si era già occupato delle rotture dei muri e dei loro rimedi; per il Tiburio del Duomo di Milano aveva espresso, nel Codice Atlantico, la similitudine fra il medico e l’architetto: Leonardo considerava infatti l'edificio come un organismo vivente, bisognoso, se "malato", di un "medico architetto”.
Il serraglio dei leoni si trovava dietro Palazzo Vecchio, nell’attuale via omonima: Leonardo lo ricorda in due fogli manoscritti. Il disegno di un leone ritorna in un emblematico rebus nel quale Leonardo gioca col proprio nome, e vale la pena ricordare anche il leone meccanico, un automa che si muoveva fino ad aprirsi il petto, realizzato da Leonardo per il re di Francia e la comunità fiorentina a Lione.
Poco fuori Firenze, percorrendo via Santa Margherita a Montici, si trova quella che era Villa Tovaglia. L’11 agosto 1500 Francesco Malatesta spedì da Firenze a Francesco II Gonzaga, che lo aveva richiesto, il rilievo della villa eseguito da Leonardo, come progetto per eseguirne una replica: in effetti, l’architettura di questo complesso architettonico, nonostante la discontinuità dovuta a rimaneggiamenti, è notevole. Da segnalare come Bartolomeo del Tovaglia fosse uno dei banchieri ricordati da Leonardo in un promemoria del Codice Atlantico fra i suoi corrispondenti dalla Francia e dalle Fiandre.