Siena

Non è escluso che Leonardo si recasse in gioventù da Firenze a Siena, in anni in cui questo era reso possibile dalla mancanza di conflitti tra le due città. Certamente vi si recò al tempo di Cesare Borgia, verso il 1502. La raffigura con particolare evidenza nella carta RL 12278, la indica nella carta RL 12277 e la menziona nella RL 12682.
La ricorda inoltre nel Ms. L al secondo foglio di coperta, dove menziona “Pagolo Vannoccio in Siena” (il padre di Vannoccio Biringuccio, che nel suo trattato De la pirotechnia definisce Leonardo “scultore eccellente” e parla della sua tecnica di fusione per il Monumento Sforza), e nel foglio 33v a proposito del batacchio della campana sulla Torre del Mangia di cui annota le misure equivalenti a un volume di circa cm 600x240 (“campana di Siena, cioè il modo del suo moto e sito della dinodatura del battaglio suo”).
Segnala infine due riferimenti bibliografici: un'“Opera di San Bernardino da Siena” (Codice di Madrid II, f. 2v) che pensava di raffigurare, verso il 1507, nella composizione di una pala d’altare per Brescia e l'opera “Della conservatione della sanità” (Codice Atlantico, f. 559r), forse un trattato di Ugo Benzi da Siena, edito a Milano nel 1481.
La frequentazione dell'ambiente culturale senese del primo Rinascimento fu determinante per Leonardo, sia per gli studi tecnologici sia come tramite per la conoscenza degli antichi (fino agli Spiritali di Erone di Alessandria).
L'importanza dei risultati raggiunti dagli ingegneri senesi, da Taccola (autore del De ingeniis) a Francesco di Giorgio (che fu, tra l'altro, suo collega nel 1490 a Pavia, per la Fabbrica del Duomo) sulla formazione scientifica di Leonardo è dimostrata con evidenza dal  Trattato di Architettura Civile e Militare di Francesco di Giorgio Martini, conservato presso la Biblioteca Mediceo Laurenziana di Firenze (con dodici note autografe del Vinci, databili ai primi anni del Cinquecento) e inoltre da almeno ventisette pagine di appunti che Leonardo copiò da un manoscritto di Francesco di Giorgio nel Codice di Madrid II.
Successivamente, la pittura di Leonardo influenzerà gli artisti operanti nel Senese, dal Sodoma al Brescianino e al Beccafumi.