Leonardo dimostra il suo interesse per la città etrusca di Cortona nelle carte RL 12278 e RL 12277 di Windsor. La menziona, inoltre, due volte nella carta RL 12682 per la misurazione delle distanze: «da Castiglione a Cortona miglia 5» e «Da Foiano a Cortona miglia 8».
Rilevante l’importanza del corso d’acqua davanti a Cortona, tra la Val di Chiana e il Trasimeno, da ricollegarsi all’annotazione di Leonardo (RL 12278): «Braccio da Montone lo chiuse ond’è mancato».
Nel Museo dell’Accademia Etrusca è esposta la Musa Polymnia, pittura su lavagna un tempo considerata opera romana, oggi ritenuta una falsificazione rinascimentale, forse da mettere in relazione con la riscoperta della tecnica pittorica ad encausto operata da Leonardo, oppure secondo altri un’opera settecentesca ispirata dalle coeve scoperte pompeiane.
Nella Biblioteca Etrusca si conserva una copia del XVII secolo del Libro di Pittura, (Ms Zuccari, 297): «Opinione di Leonardo da Vinci. Modo di dipignere prospettive, ombre, lontananze, altezze, basezze da vicino, da lontano, et altro».