Il luogo detto Nuovole, dove fin dai primi del secolo XI esisteva la piccola chiesa rurale di Santa Maria, è la località dove successivamente sarà edificato il castrum detto de S. Maria Novella. Il centro fortificato aveva assunto il nome del luogo e della piccola chiesa di cui ancora si conservano i resti presso la villa-fattoria. La chiesa, ad aula unica, presenta ancora oggi una interessante monofora che si apriva al centro del catino absidale. L’archivolto, realizzato in un unico blocco, è decorato da due cornici, rispettivamente a dentelli lungo l’intradosso e a listello sull’estradosso. Sulla faccia del blocco dell’arco della monofora sono scolpite due figure zoomorfe a bassorilievo realizzato a risparmio entro superfici circolari. I caratteri dell’edificio sembrano riferibili alla chiesa castellana del secolo XII. Santa Maria Novella viene infatti rammentato per la prima volta come castrum in una famosa donazione dell’anno 1126. Il documento ne chiarisce le origini, legate probabilmente alle due famiglie comitali che fra XI e XII secolo avevano in questa parte della Valdelsa cospicue proprietà: i conti Cadolingi e poi gli Alberti. Si tratta della donazione di una serie di curtes e castelli effettuata a favore del vescovo di Firenze Goffredo, un esponente della famiglia comitale degli Alberti. Il donatore è la vedova di tale Rodolfino di Berardo de Catignano, personaggio appartenente ad uno dei gruppi familiari legati fino ai primi del XII secolo ai conti Cadolingi e poi, forse proprio dopo l’estinzione della casta, agli Alberti. È infatti proprio nella prima metà del secolo XII che si vengono a creare le condizioni per un più intenso radicamento dei conti Alberti in Valdelsa, una presenza che culminerà nel progetto di fondazione di Semifonte.