Alica
Con "Aliga", Leonardo indica il castello di Alica, in comune di Palaia.
Badia di Morrona
Con "La Badia", Leonardo indica Badia di Morrona in comune di Terricciola, situata "alquanto a settentrione" - scrive Repetti - del castello di Morrona.
Celli
Leonardo raffigura e indica il castello di Celli, in comune di Peccioli. Tra Celli, Usigliano e Montopoli, Leonardo indica l'insediamento di "Serra Vallino".
Collelungo
Leonardo raffigura e indica Collelungo, in comune di Palaia, nella carta RL 12683 di Windsor e lo menziona nel foglio 305r del Codice Atlantico.
Era
Nelle carte di Windsor RL 12277, RL 12278, RL 12683 e nel foglio 53r del Codice di Madrid II, Leonardo indica più volte, fra gli affluenti sulla riva sinistra dell'Arno, il fiume che caratterizza la Valdera. Ne accenna la posizione in rapporto alla confluienza dell'Arno nel foglio 22v dello stesso Codice di Madrid e, soprattutto, nella carta RL 12279, descrive la Valdera con una veduta delle colline sulla riva destra del fiume, presumibilmente viste dall'alto di Volterra. Il corso dell'Era nasce in comune di Volterra, si snoda per 55 km, ha come affluenti principali il Cascina, il Roglio, lo Sterza e attraversa i comuni di Capannoli, Lajatico, Peccioli, Ponsacco, Pontedera, Terricciola.
Fabbrica di Peccioli
Leonardo raffigura e indica due volte la località di "Fabrica" nella carta RL 12683 di Windsor: una è sicuramente Fabbrica di Peccioli, evidenziata anche nella carta RL 12278.
Forcoli
Leonardo raffigura il castello di Forcoli, in comune di Palaia, nella carta RL 12683 di Windsor e lo menziona nel foglio 305r del Codice Atlantico.
Ghizzano
Con "Ghizano", Leonardo raffiugra e indica la località di Ghizzano in comune di Peccioli.
Lajatico
Leonardo raffigura sommariamente e indica "Laiaticho", l'attuale Lajatico.
Montacchita
Con "Monte Achita", Leonardo indica il castello di Montacchita, in comune di Palaia,nella carta RL 12683 di Windsor e lo menziona nel foglio 305r del Codice Atlantico.
Monte Castello
Con "Monte Castelli", Leonardo indica la località di Monte Castello in comune di Pontedera nella carta RL 12683 di Windsor e lo menziona nel foglio 305r del Codice Atlantico.
Montecchio (di Peccioli)
Leonardo raffigura il castello di Montecchio in comune di Peccioli.
Morrona
Leonardo raffigura e indica la località di Morrona in comune di Terricciola, dopo aver scritto per errore e poi cancellato il toponimo di "Morona" nella posizione di Terricciola.
Orciatico
Leonardo raffigura sommariamente e indica la località di Orciatico, in comune di Lajatico.
Palaia
Leonardo indica il castello di Palaia, che - come i comuni confinanti - ai suoi tempi era sottomessa alla Signoria di Firenze.
Peccioli
Leonardo raffigura il castello di Peccioli senza indicarne il toponimo, attestandone l'interesse strategico nella Valdera.
Ponsacco
Con "Ponte di Sacco", Leonardo indica il castello di Ponsacco, nodo viario della Valdera alla confluenza tra i canali del piano di Pisa e il Cascina, affluente dell'Era.
Pontedera
Con "Pontadera", Leonardo indica il castello di Pontedera, centro di notevole importanza strategica per le vie di comunicazione alla confluenza dell'Era nell'Arno, nella carta RL 12683 di Windsor e inoltre nel Codice di Madrid II (fogli 1v, 2r, 16r, 22v "Ponte ad Era", 53r) e nel Codice Atlantico (f. 305r).
San Gervasio a Montecastello
Con "San Gervagio", Leonardo indica San Gervasio a Montecastello, in comune di Palaia, nella carta RL 12683 di Windsor e lo menziona nel foglio 305r del Codice Atlantico.
Terricciola
Leonardo indica "Terricola", cioè Terricciola, fra il vicino insediamento di Morrona e il castello di Monte Vaso che sorgeva su un rilievo fra il torrente Sterza e il Fine.
Toiano
Leonardo raffigura e indica Toiano, in comune di Palaia.
Treggiaia
Con "Tregona" (tradizionalmente letto, anche da Baratta, "[To]glia[no]"), Leonardo indica Treggiaia, in comune di Pontedera, nella carta RL 12683 di Windsor e lo menziona nel foglio 305r del Codice Atlantico.
Usigliano
Con "Usilgliano", Leonardo indica il castello di Usigliano in comune di Palaia.
Villamagna
Leonardo raffigura e indica "Villa Magna", località in comune di Volterra.