In base allo stato delle conoscenze storico-critiche acquisite, le opere autografe di Leonardo visibili in Toscana si trovano concentrate agli Uffizi in Firenze e il loro numero risulta limitato. In particolare, sono riferibili al periodo giovanile. Tuttavia Leonardo dimostrò, sin dai primi anni, una piena padronanza e maturità dell'arte, come dimostrano il disegno del “5 agosto 1473” e la rivoluzionaria Adorazione dei Magi, iniziata e lasciata incompiuta quando Leonardo aveva 30 anni. Il primo periodo fiorentino è soprattutto quello della collaborazione con il Verrocchio, dalla cui bottega uscirono dipinti nei quali non è sempre possibile identificare con certezza la mano del giovane Leonardo. Evidentemente sono andati perduti quasi tutti i suoi disegni giovanili e comunque anteriori al 1473, insieme alle possibili sculture e opere di arte applicata. Non si conosce, inoltre, la sorte dei cartoni ricordati dalle fonti, come quelli per la Sant'Anna alla Santissima Annunziata e per la Battaglia di Anghiari in Palazzo della Signoria. Non si può, infine, fare a meno di lamentare la mancanza a Firenze di manoscritti autografi di Leonardo, conseguenza, questa, del parere negativo dei consiglieri che, nel 1614, dissuasero il granduca Cosimo II de' Medici dall'acquistarli, definendoli «cosa molto triviale» e indegna «di tanto Principe». Fu così che quasi tutti i codici di Leonardo finirono in Spagna: in parte furono acquistati dall’inglese lord Arundel, altri tornarono in Italia (compreso il Codice Atlantico e i manoscritti oggi a Parigi); due sono stati ritrovati nella Biblioteca Nazionale di Madrid solo nella seconda metà del XX secolo. Nella Biblioteca Medicea Laurenziana è conservato il Trattato di architettura civile e militare di Francesco di Giorgio Martini (Ash. 361, circa 1484), con cinque postille autografe di Leonardo databili attorno al 1504.
